エンディング

チャプタータイトル エンディング内容
旅立ち！夢見る千年祭 クロノトリガーの開発室へ行ける。
帰ってきた王妃
消えた王女
ただいま！ カエルがリーネ王妃と結婚し、ガルディア王家は全員カエルになってしまう。
王国裁判
廃墟を越えて……
不思議の国の工場跡
時の最果て
魔の村の人々 ヌゥと原始カエルのスタッフロール。
現れた　伝説の勇者 タータは魔王を倒すため魔王城に行く。その玉座に座っていたのはクロノ！
タータとカエル 同上。
赤い石　めずらしい石 ゲーム中の主役たちが出演するスタッフロール。
足跡！追跡！！
戦え！グランドリオン （カエルが仲間になる前）
ゲーム中の脇役たちが出演するスタッフロール。
（カエルが仲間になった後）
ラヴォスを倒した後、カエルは魔王を倒すため独り魔王城に赴く。
決戦！魔王城！！ 同上。
気がつけば　原始 恐竜人が地上を征服する未来に変わってしまう。
大地のおきて 同上
魔法の王国　ジール 魔王はサラを助けるために古代でラヴォスと戦う。
「反省会」
解けよ封印　呼べよ嵐 魔王はサラを助けるために古代でラヴォスと戦う。
嘆きの山の賢者様 同上。
天空で待つものは 同上。
ラヴォスの呼び声 同上。
ラヴォスの呼び声 （海底神殿で倒したとき）
クロノトリガーの開発室へ行ける。
時の卵 クロノを生き返らせたいマールは旅を続ける。
運命の時へ……
星の夢の終わりに		 （シルバードがある）
クロノの猫が家からゲートに逃げてしまい、クロノは猫を追いかけてシルバードに乗る。
（シルバードがない）仲間たちはそれぞれの時代へと帰る。国王はマールに鐘をプレゼントする。

「反省会」

  1. まず、ジール宮殿のサラとジャキの部屋へ行く。
  2. サラがジールに呼び出されるので、その後を追いかける。
  3. 女王の間に入れないので、魔神機の間へ行く。
  4. ペンダントに魔神機のエネルギーをこめないで部屋を出る。
  5. ラヴォスを倒す。