廃墟を越えて……

未来: バンゴドーム

　クロノが「ゲート」を通ってたどり着いた場所は、どこかの屋内のようだった。そこは、ルッカですら「遠い未来」としか言えない場所だった。クロノがその建物から外に出ると、外は嵐が吹き荒れていた。草木はない。海はよどんでいる。人はいない。しかし、クロノは嵐の中に廃墟があるのを目にする。

未来: トランドーム

　クロノは激しい嵐の中を北に向かった。このような廃墟だらけの世界で、人間は生きていけるのだろうか……？すると、クロノは「バンゴドーム」の北に「トランドーム」を発見する。その「トランドーム」の中で、クロノはこの世界で初めて人間に出会う。

　廃墟の中で、人々は飢えて暮らしていた。人々は食料すら満足に手に入れられないため、とうの昔に希望を捨てていた。しかし、人々は「廃墟の向こうには食料のある地がある」と言う。

未来: １６号廃墟

出現モンスター: ルインストーカー、プラントラー、ミュータント、シルエット、クレェタ
入手アイテム: 白銀剣、白銀の弓、バーサクリング、エーテル

未来: アリスドーム

　クロノたちは「16号廃墟」を越えて「アリスドーム」にたどり着いた。アリスドームにいる人々は、廃墟を越えてきたクロノたちに驚く。その人々の中で、ひとりの老人がクロノに話しかけてきた。

　老人はドンと名乗る。ドンは、かつてこのアリスドームの管理責任者だった人物の末裔だという。それによると、このアリスドームの地下には食料庫があるのだという。

　まず、クロノは左側の階段を上り、２階を通って食料庫を目指す。すると、食料庫までの道のりで、クロノは暴走した「ガードマシン」や「ビット」と戦わなければならない。ドーム内部は長らく管理されていなかったため、ロボットが暴走しているのだ。

　ドームの奥には食料庫がある。だが、食料庫には既に使い物になる食料は残っていなかった。電源が壊れているために、全ての食料が腐っていたのだ。そして、ようやく食料庫にたどり着いた男も既に息を引き取っていた。しかし、クロノはその男が一粒の種を握りしめていることに気づく。

出現モンスター: ラットハンター、ラットラー、バージョン２．０、バグ
入手アイテム: ミドルエーテル
出現ボス: ガードマシン／ビット

　クロノが食料庫を後にすると、ネズミ型のロボットが作動している。ネズミ型のロボットは素早く動くので、最短の経路を走って追いかけなければならない。クロノがネズミ型のロボットを捕まえると、ネズミ型のロボットからパスワードを聞くことができる。そのパスワードは、クロノがはじめに上った階段の近くにある機械に入力するためのものだ。（アリスドームの居住スペースのすぐ次のフロアだ。）

　クロノが新しい通路を歩くと、やがて奥の部屋にたどり着く。そこには、巨大なコンピューターが残されていた。老人が言っていたように、これはアリスドームの管理責任者が使用していたものなのだろうか？どうやらルッカなら使い方が分かるようだ。そのコンピューターは、この世界の情報を探索する能力を持っているらしい。

　ここで、クロノは新しい「ゲート」が東の「プロメテドーム」にあることを知ることができる。これでようやくクロノは、この廃墟の世界からA.D. 1000に戻るため手がかりを手に入れることができた。さあ、プロメテドームのゲートに急ごう！

　しかしその時、コンピューターがひとつの映像をディスプレイに映し出した。そのデータは「A.D.1999 ラヴォスの日」というファイル名が名付けられている。緑がある！この世界の元の姿が映し出されているようだ。直後、ディスプレイの中に巨大な生物の姿が映し出された。それは、突如として地上に現れると、世界を破壊し始めた。

　クロノは、この廃墟が自分の暮らす世界の「未来」であることを知る。マールもルッカもショックを受けている。遠い未来に、世界は破局を迎えるのだ。

たったひとつの希望

　クロノがアリスドームの居住区に戻ると、人々はクロノに食料庫の様子を尋ねる。だが、クロノは首を横に振る。食料庫に食料はなかったのだ。人々は落胆する。しかし、一粒の種が残されている。勇敢な男が持っていたものだ。マールは人々にその種を育てるように主張する。希望は残されているのだ。

　クロノ、マール、そしてルッカの行動は、人々の心を動かす。特にドンは希望を抱く。そして、ドンは自分が若い頃に乗っていたバイクキーを差し出す。東の「プロメテドーム」は遠いため、使うべきだというのだ。クロノは「バイクキー」を受け取る。